1. 中药材大品种三七的综合开发关键技术与产业化应用，2016年中华中医药学会科学进步奖一等奖，获奖者：孙晓波、孙桂波等；

2. 中药材大品种三七的综合开发的关键技术创建与产业化应用，2017年度国家科学技术进步奖二等奖，获奖者：孙晓波、孙桂波等；

3. 西南高半山民族地区道地民族药物规范化生产与开发利用，2017年中国民族医药学会科学技术奖二等奖，获奖者：杨润梅等；

4. 齐云荣获2021年 “北京协和医学院优秀教师”称号；

5.“符合重要特点的增溶性药用辅料的筛选与评价”荣获2015年中华中医药学会科学技术二等奖，主要完成人：齐云；

6.“中药中真菌及真菌毒素污染分析及应用研究”荣获2014年北京市科学技术三等奖，获奖者：齐云；

7.“濒危药材肉苁蓉种质资源评价，保护和利用”荣获2010年宁夏回族自治区科学技术进步奖，主要完成者：齐云等15名科研工作者；

8. “桂枝汤解热作用的系统研究”荣获2007年中国中西医结合学会科学技术一等奖，获奖人：齐云等16名科研工作者。